Hauptunterschied der beiden Linux Distributionen ist, daß Gentoo ein Ports-System ähnlich der BSD-Systeme hat und damit jedes Paket optimal auf die entsprechende Maschine und Wünsche des Administrators angepaßt werden kann. Dagegen kann Debian mit einem umfangreichen und sehr striktem QA-System aufwarten, was auch (neben der Upgrademöglichkeit im laufenden Betrieb) einer der Hauptgründe für seine Stabilität und damit auch für seine Beliebtheit bei technisch versierten Systemadministratoren ist.

Allerdings kann eigentlich das Ports-System von Gentoo nicht der Grund für die Abwanderung sein, wie Branden Robinson anmerkt, denn unter Debian gibt es apt-src, was praktisch die gleiche Funktionalität bietet. Roberto Suarez Soto hat dazu angemerkt, daß auch "Coolness" bei manchen Anwendern ein größerer Faktor bei der Distributionsauswahl sei und Debian sich um das, was aktuell in Mode ist, sowieso nicht schert. Anwender mit solchen Auswahlkritierien blieben sowieso nicht lange bei Debian und ob sie danach auf Gentoo, MacOS X oder FreeBSD umstiegen, würde wohl auch nur daran hängen, was halt gerade in Mode ist.

Andere sehen das nicht nur gleichgültig, sondern sind sogar froh darüber, denn das würde den Debianer viele nahezu vergeblich geführte Diskussionen mit Besserwissern ersparen. Widerum andere sehen das Problem in der technischen Stagnation von Debian, welche durch sozialen Strukturen im Debian Projekt verursacht worden sein soll.

Interessant ist auch noch Joey Hess' Kommentar dazu: Er stellt einige kleine aber feine Details heraus, in denen Gentoo Debian wirklich objektiv überlegen ist: Das init-System und die Möglichkeit, das ganze System wahlweise mit GNOME-/KDE-/etc. Unterstützung zu bauen oder nicht. Debian braucht dazu jeweils ein Extra-Binary-Paket für jede Anwendungsvariante Allerdings sind das IMHO mit Sicherheit nicht die Dinge, die das Gros der Überläufer (so es denn soviel gab :-) zum Wechsel bewogen hat.